Emmanuel Nunes est né le 31 août 1941 à Lisbonne.
Après avoir réalisé des études d'harmonie et de contrepoint à l'Académie de Musique de Lisbonne, Nunes s'établit à Paris, participe aux cours d'été de Pierre Boulez et Henri Pousseur à Darmstadt, puis fréquente les cours de la Rheinische Musikschule de Cologne où il étudie principalement avec Karlheinz Stockhausen. En 1971, il obtient un premier prix d'Esthétique Musicale au Conservatoire National Supérieur de Musique de Paris dans la classe de Marcel Beaufils.
La musique d’Emmanuel Nunes d’une farouche singularité se compose paradoxalement de multiples influences. Le compositeur reste très attaché au travail de l’espace et de la perception temporelle qu’il hérite probablement de Stockhausen, mais qu’il redéfinit entièrement selon sa propre pensée musicale ; la phénoménologie tient une place primordiale chez ce compositeur obsédé par le temps musical et ses conséquences. De même, on perçoit parfois quelques influences bouléziennes dans la précision d’écriture et le soin porté à l’harmonie, un rapport très personnel avec les techniques électroacoustiques, une tendance certaine à la citation où la modernité du compositeur s’inscrit dans un flux historique…
Depuis 1992, Emmanuel Nunes est professeur de composition au Conservatoire National Supérieur de Musique et de Danse de Paris.